味苦，平、大寒，無毒。主諸熱，黃疸，腸澼，洩痢，逐水，下血閉，惡瘡，疸，蝕，火瘍，療痰熱、胃中熱、小腹絞痛，消穀，利小腸、女子血閉、淋露、下血、小兒腹痛。一名腐腸，一名空腸，一名內虛，一名黃文，一名經芩，一名妬婦。其子，主腸澼膿血。生秭歸川谷及冤句，三月三日採根，陰乾。（得厚朴、黃連止腹痛，得五味子、牡蒙、牡蠣令人有子，得黃芪、白斂、赤小豆療鼠瘻，山茱萸、龍骨為之使，惡蔥實，畏丹沙、牡丹、藜蘆。）
黃芩苗長尺餘，莖幹麤如箸，葉從地四面作叢生，類紫草葉，細長青色，兩兩相對，六月開紫花，根長四、五寸，色青黃，老則中空。（《圖經》）
徐洄溪曰：『金之正色白而非黃，但白為受色之地，乃無色之色耳，故凡物之屬金者，往往借土之色以為色，即五金亦以黃金為貴，子肖其母也。草木至秋，感金氣則黃落，故諸花實中，凡色黃耐久者，皆得金氣為多。』愚按人之臟腑中空者，惟肺與腸胃。黃芩中空色黃，恰有合於金與土之德，其生苗布葉，開花成實，皆當陽盛之時，則其性屬陰，其氣薄，其味厚，故又為陰中之陰。氣薄則發洩，味厚則泄，故不為補劑而為洩劑。肺主氣，洩肺者無非洩氣分之熱；腸胃主通調水穀，洩腸胃者，無非洩水穀中溼熱。血者，因氣調而行，因氣滯而阻，故凡氣以熱滯，致血緣氣阻者，得氣之調則行，此黃芩之專司也。劉潛江曰：『黃芩主諸熱、黃疸、腸澼、洩利、逐水，是《本經》固以治溼熱。』推之與張潔古所謂“瀉肺火，治脾溼”者不殊矣，乃羅天益謂“肺主氣，熱傷氣，黃芩能瀉火益氣利肺”，則其說不同，何歟？曰：『黃芩專主上焦陽中之陰者也。』蓋惟下焦陰中有陽而氣生，故陰恆由命門以升；上焦陽中有陰而氣化，故陽恆由膻中以降，今者上焦陽實陰虛，則氣無由化，氣不化則熱阻生溼，故《本經》所謂指陽實言也，潔古所謂指陰虛氣不化言也。齊其本末，約其初終，皆為熱搏於氣，與羅氏所謂瀉火利肺者，豈有異耶！肺之熱除，則陰下降入心，心氣既和，斯惡瘡、疸、蝕、火瘍悉消，於是膻中之陰，自和胃以浹於脾，脾得陰濟，遂能復其健運，而黃疸洩利能已。胃得陰和，遂能復其通降而痰熱胃熱自除，且能消穀。大腸者，肺之合；小腸者，心之合。上竅阻則下竅亦阻，上竅通則下竅悉通，腸澼、水氣能不解耶！如此則黃芩能清氣分之熱是已，乃亦能治血分之病，何歟！蓋黃芩所主血分諸病，本由乎氣，上焦陽中之陰治，肺得降陰於心，血分之源濬矣，源既濬則流自清，又何患血閉及淋露下血耶！夫陽中之陰化，氣化乃行，氣化行，水道乃暢，故《本經》逐水下，即繼之以下血閉，血與水一而二，二而一者也，雖然黃芩於肺熱屬氣虛者即不可妄投，以氣虛即陽虛，陽虛更用黃芩，是虛虛也，故黃芩治氣分之熱為專功，大腸次之，清心胃之熱者，由肺而推及之，未有肺熱，心胃能清者也。小腸、膀胱又因心胃既治，而推及之，未有心胃留熱而血能和，血不和而水道能清者也。
仲景用黃芩有三耦焉。氣分熱結者，與柴胡為耦（小柴胡湯、大柴胡湯、柴胡桂枝乾薑湯、柴胡桂枝湯），血分熱結者，與芍藥為耦（桂枝柴胡湯、黃芩湯、大柴胡湯、黃連阿膠湯、鼈甲煎丸、大黃蟅蟲丸、奔豚湯、王不留行散、當歸散），溼熱阻中者，與黃連為耦（半夏瀉心湯、甘草瀉心湯、生薑瀉心湯、葛根黃芩黃連湯、乾薑黃芩黃連人湯）。以柴胡能開氣分之結，不能洩氣分之熱；芍藥能開血分之結，不能清迫血之熱；黃連能治溼生之熱，不能治熱生之溼。譬之解鬪，但去其鬪者，未平其致鬪之怒，鬪終未已也，故黃芩協柴胡能清氣分之熱，協芍藥能洩迫血之熱，協黃連能解熱生之溼也。
小柴胡證，腹中痛者去黃芩加芍藥。心下悸、小便不利者，去黃芩加茯苓。夫腹中痛未必非氣血之結，而心下悸、小便不利，亦何以決知其非氣熱而生之水，且《本經》明言黃芩能逐水，《別錄》明言黃芩能除小腹絞痛、利小腸，而遽去之，何耶？殊不知治腹滿痛、腹痛、繞臍痛、少腹痛，有可用寒藥者，惟腹中痛者必無中熱之理。仲景是以於《厥陰篇》特標其旨，曰：『腹中痛，若轉氣下趨少腹者，此欲自利也。』其他如真武湯之腹痛、小便不利，小建中湯之腹中急痛，附子米湯之腹中寒氣、雷鳴、切痛，當歸生薑羊肉湯之腹中痛及脅痛裏急，抵當烏頭桂枝湯之腹中痛、逆冷、手足不仁，致痛雖殊，治痛亦異，用溫藥則同，以是知腹痛下一“中”字，則與凡痛有別，用黃芩諸方，必無此矣。彼小腹絞痛者，乃熱氣迫血，血結少腹而痛，與鼈甲煎丸、大黃蟅蟲丸、王不留行散之用黃芩不殊也。小便不利，原不必忌黃芩，小便不利而心下悸，則不容更用黃芩，何則？仲景云：『太陽病，小便利者，以飲水多必心下悸，小便少者，必苦裏急也。』彼雖論血結，此亦可借以喻氣結，曰：『飲水多，而心下悸。』則非熱阻所化之水矣。熱阻所化之水，可以黃芩逐，飲水而停蓄者，其可以黃芩逐之耶？蓋水氣凌心為悸，必寒水乃然，若熱化之水氣，則脾家上升瀰濛之氣，中焦變化取赤之汁，終日周流於膻中，而稟命於心君，若均能致悸，則無病人有不悸時耶！李瀕湖言：『有人素多酒慾，少腹絞痛不可忍，小便如淋，諸藥不效，偶用黃芩、木通、甘草三味，煎服遂止。』王海藏言：『有人因虛服附子藥，多病小便閟，服芩連藥而愈。』大抵黃芩之用，凡氣分有餘，挾熱攻衝他所者，乃為的對，若他所自病，不係熱氣攻衝者，則不可服，服之必益虛其氣，他所之病，反足以攻衝於氣矣。
或問：『黃芩湯治何等證，其證腹痛與否，若腹痛何以用黃芩？若腹不痛何以用芍藥？』曰：『其證身熱不惡風，亦不惡熱，或下痢，或嘔，腹則不痛。』蓋芍藥、甘草、大棗，桂枝湯裏藥也，以不惡風，故不用薑、桂。黃芩、甘草、大棗，小柴胡湯裏藥也，以不往來寒熱，故不用柴胡，以其常熱，故不用人參，若不嘔，則並不用半夏、生薑。至芍藥，則並不因腹痛而用，以桂枝湯證原無腹痛也，亦不心下痞硬，以不去大棗也。夫芍藥甘草湯治“傷寒，汗出，誤服桂枝湯後，足脛拘急”，已見其能破陽邪於陰分矣，加以黃芩，不益可見陽分之熱甚盛，攻於陰分為利，非陰中自有愆陽之結耶！仲景於《厥陰篇》云：『傷寒，脈遲，與黃芩湯除其熱，腹中則冷，不能食。』可知黃芩湯證之脈必數，黃芩所治之熱必自裏達外，不治但在表分之熱矣。黃芩治自裏達外之熱，《千金》歷有明文，芍藥湯治“產後虛熱，頭痛”，若通身發熱者加黃芩；慎火草散治“崩中、漏下赤白青黑，腐臭不可近”，熱多者加知母、黃芩；道人深師增損腎瀝湯治“風虛勞損挾毒，腳弱疼痛，下焦虛冷，胸中有熱”，其熱多者加黃芩，又可知陰虛氣盛熱自內出者，黃芩亦能治之，而不但治感觸所化韞中達外之熱矣。李瀕湖自緣感冒欬嗽既久，且犯戒，遂病骨蒸發熱，膚如火燎，每日吐痰盈碗，暑月煩渴，寢食既廢，脈浮洪，偏服柴胡、麥虋冬、荊、瀝諸藥月餘，益劇，皆以為必死，其尊人以謂李東垣治肺熱如火燎，煩躁引飲，晝甚者，宜一味黃芩以瀉肺經氣分之火，遂按方用黃芩一兩煎服，次日身熱盡退，痰嗽皆愈，於此益可知黃芩所治，必肺經氣分之熱，肺經氣分之熱，必晝甚於夜也。
黃芩《本經》主黃疸、腸澼、洩利，《金匱要略》及《傷寒論》發黃證皆不用。洩利證，兩書除諸瀉心湯外亦絕不用，今以《千金方》參合而考之，亦頗有意義可尋也。《千金》治黃方，凡有黃芩者，多云一身面目悉黃。《金匱要略》中所載，有身體盡黃者，有額上黑者，有面青目黑者，可知疸證非一身面目悉黃者不可用矣。《千金》治熱利、冷利、疳、溼利、小兒利，用黃芩方多有壯熱一語，可知洩利無熱者不可用矣。大抵氣主充周，無處不到，凡病有彼此不相侔者，必非氣分之病，黃芩主氣分之熱，於此不可以相證乎！
《千金》治小兒核腫、壯熱有實方，及治小兒熱毒入膀胱中，忽患小便不通，欲小便則澀痛不出，出少如血，須臾復出，地膚子湯。治小兒落牀墮地，如有瘀血，腹中陰陰寒熱，不肯乳哺，但啼哭叫喚，蒲黃湯。皆有黃芩，考茲數證，均為氣熱攻血，亦徹其病本之治，《別錄》所謂黃芩治小兒腹痛者，於此可明其旨矣，即其治小腹絞痛，亦當與此不異，蓋《傷寒》《金匱》兩書僅有腹痛去黃芩之文，大率黃芩所治之小腹絞痛，必煩熱，必口渴，必小便有異於常，捨此則非所宜矣。
